蜡梅转录组EST-SSR标记开发与引物筛选

编号 zgly0001436059

文献类型 期刊论文

文献题名 蜡梅转录组EST-SSR标记开发与引物筛选

作者 李响  杨楠  赵凯歌  陈玉星  唐锐君  陈龙清 

作者单位 华中农业大学园艺植物生物学教育部重点实验室 

母体文献 北京林业大学学报 

年卷期 2013年S1期

年份 2013 

分类号 S685.99 

关键词 蜡梅  EST-SSR  分子标记  转录组测序 

文摘内容 从蜡梅转录组数据库组装的83 257个Unigene中分析得到11 868个1~6核苷酸重复的EST-SSR候选位点。在所有序列中,10 284个序列存在EST-SSR位点,SSR的发生频率为12.35%,转录组序列中平均每5 kb长度就有1个SSR位点分布,1 370个Unigene含有2个以上的SSR位点,634个位点以复合的重复形式出现。其中2核苷酸重复和3核苷酸数量最多,分别占总数的44.81%和26.20%。重复基元类型共206种,其中最多的类型为2核苷酸重复AGCT,占总数的39.85%,其次为3核苷酸重复AAGCTT,占总数的11.54%。针对所有EST-SSR位点共过滤出7 060对符合要求的引物,并随机挑选了100对引物,结合已发表的蜡梅SSR文献中的20对引物对2个蜡梅品系进行了检验,其中17对来自蜡梅转录组的EST-SSR成功扩增出条带。由此检验了通过蜡梅转录组数据库EST信息开发SSR标记的可行性。