基于芭蕉属EST序列的地涌金莲SSR引物开发

编号 zgly0000786732

文献类型 期刊论文

文献题名 基于芭蕉属EST序列的地涌金莲SSR引物开发

学科分类 220.1520;林木遗传学

作者 李文娟  马宏  李正红  万友名  刘秀贤  周翠丽 

作者单位 中国林业科学研究院资源昆虫研究所 

母体文献 林业科学研究 

年卷期 2012,25(2)

页码 111-116

年份 2012 

分类号 S718.46 

关键词 地涌金莲  EST-SSR  多态性引物  分子标记 

文摘内容 对31 308条来自NCBI的芭蕉属(Musa)EST序列进行拼接得到全长为13.51 Mb的21 129条无冗余EST序列(含3 818条contigs及17 311条singletons),其中,4 944条(23.40%)EST序列含有5 416条SSRs,SSR的出现频率为25.63%,平均分布距离2.49 Kb,有234条(1.11%)含有1个以上的SSR。在所检测的SSR中,二、三、四核苷酸重复是主导重复类型,分别占EST-SSR总数的21.80%(1 181条)、52.55%(2 846条)和14.55%(788条)。AG/CT、AAG/CTT与AGG/CCT和AAAG/CTTT与AAAT/ATTT分别是二、三、四核苷酸的优势重复基元。随机设计了238对EST-SSR引物在24个地涌金莲个体中进行筛选,116对有扩增产物,其中,78对EST-SSR引物扩增出清晰稳定的目的片段,49对引物表现出多态性。本研究检测的15对引物扩增等位基因数范围是2～7个,平均3.067个;表观杂合度(Ho)范围是0.042 0.750,平均0.250;期望杂合度(He)范围是0.232～0.823,平均0.522。