毛竹EST资源SSR标记分析与筛选

编号 zgly0000768802

文献类型 期刊论文

文献题名 毛竹EST资源SSR标记分析与筛选

学科分类 220.1070;森林植物学

作者 张智俊  管雨  杨丽  余利  罗淑萍 

作者单位 亚热带森林培育国家重点实验室培育基地  新疆农业大学农学院 

母体文献 园艺学报 

年卷期 2011,38(5)

页码 989-996

年份 2011 

分类号 S68 

关键词 毛竹  EST-SSR  分子标记 

文摘内容 对来源于NCBI公共数据库的非冗余3087条毛竹(Phyllostachys edulis)EST序进行简单重复序列SSR搜索发现: 在401条毛竹EST序列中共查找到408个SSR位点,平均6.8kb EST序列中含有1个SSR。其中二核苷酸和三核苷酸重复是毛竹EST-SSR的主要重复类型,分别占SSR总数的43.14%和49.75%。SSR的不同重复基序中,最常见的重复基序是: (AG)n,占37.01%,其余出现频率较高的依次为(TC)n、(AGC)n、(GAG)n和(CGC)n。根据搜索结果设计了182条毛竹EST-SSR引物,以12个不同种属的竹子DNA为模板,对引物进行了稳定性、通用性的验证与评价。结果表明有42对引物有较清晰且稳定的目标扩增产物,其中39对引物的产物存在多态性,说明设计开发的毛竹的EST-SSR标记是可行且有效的。