木麻黄EST序列中SSR的分布特征及有效SSR标记的筛选

编号 zgly0001530517

文献类型 期刊论文

文献题名 木麻黄EST序列中SSR的分布特征及有效SSR标记的筛选

作者 胡盼  仲崇禄  张勇  姜清彬  陈羽  陈珍  韩强  Khongsak Pinyopusarerk  Didier Bogusz 

作者单位 中国林业科学研究院热带林业研究所  澳大利亚联邦科学与工业研究组织植物所  法国发展研究院(IRD) 

母体文献 植物研究 

年卷期 2016年01期

年份 2016 

分类号 S792.93 

关键词 木麻黄  EST  SSR 

文摘内容 从NCBI的EST数据库中获得的木麻黄EST序列共有34 752条,进行拼接后得到全长7 278.578 kb的非冗余序列(Unigene)12 062条,并从中检索得到分布于353条Unigene的367个SSR位点,SSR检出率为2.93%,平均分布距离为19.83 kb,包括39种重复基序类型。其中,以二核苷酸和三核苷酸为主要类型,在总SSRs中所占比例分别为57.77%和34.60%;而二核苷酸重复基序中,AG/CT所占比例最高,为93.87%;在三核苷酸重复基序中AAG/CTT所占比例最高,为44.09%。对检索出的EST-SSR位点设计得到97对引物,其中32对为可有效扩增引物。Blastx分析发现77.3%的含SSR位点的EST序列与非冗余蛋白序列数据库中功能序列具有同源性,而功能已知的序列中葡萄来源的序列占有最大比例(10.4%)。GO功能分类发现,含有SSR位点的EST序列中有47.3%至少具有1个GO注释,归入细胞组分的序列最多,而其中细胞质和细胞核的功能项所占比例较大。