基于松树EST序列的马尾松SSR引物开发

编号 zgly0001371338

文献类型 期刊论文

文献题名 基于松树EST序列的马尾松SSR引物开发

作者 刘公秉  季孔庶 

作者单位 南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室 

母体文献 分子植物育种 

年卷期 2009年04期

年份 2009 

分类号 S791.248 

关键词 松树  马尾松  EST  SSR  引物设计 

文摘内容 本文用生物信息学方法对松树359521条EST进行处理,得到无冗余EST序列56776条,其中有2315个SSR分布于2057条EST中,出现频率是4.08%,平均距离是22.06kb。检测到二、三碱基重复SSR总数为1631个,四碱基至六碱基重复SSR共117个。在所得二碱基以上重复SSR中,多态潜能高的有488个,占27.92%;多态潜能次高的有1260个,占72.08%。选择整体长度不小于24个碱基的SSR位点用于开发马尾松SSR引物,设计出135对备选引物,最终有51对引物在马尾松中得到扩增,有效扩增率为37.78%;其中39对有多态性,多态率为28.89%。在51对可扩增引物所对应的SSR类型中,P型占74.51%,I型占3.92%,C型占21.57%。