基于EST信息的百合SSR标记的建立

编号 zgly0000571244

文献类型 期刊论文

文献题名 基于EST信息的百合SSR标记的建立

学科分类 220.5010;园林植物学

作者 杨素丽  明军  刘春  穆鼎  李名扬 

作者单位 中国农业科学院蔬菜花卉研究所  西南大学园艺园林学院 

母体文献 园艺学报 

年卷期 2008,35(7)

页码 1069-1074

年份 2008 

分类号 S682.2 

关键词 百合  EST  SSR  引物设计 

文摘内容 依据已知的百合EST(expressed sequence tags)序列信息，开发新的SSR(simple sequence repeats)标记，在NCBI的EST数据库1688条EST中检索到98条含有101个SSR的序列，SSR的检出率为5．98％，其中三核苷酸重复类型占主导地位，出现频率为2．84％。EST—SSR的重复基元共搜索到47种，其中三核苷酸重复基元类型最为丰富，大约占重复基元类型总数的一半。利用部分EST—SSRs序列共设计23对SSR引物，以铁炮百合‘Snow Queen’DNA为模板，对引物进行筛选，其中18对引物有扩增产物，占所设计引物总数的78．26％；进一步用这些引物在5个杂种系列13个百合品种进行多态性测试，显示多态性的引物占可扩增引物的66．7％。本研究结果证明了基于百合EST信息建立SSR标记是一种有效而又可行的方法。