越橘EST-SSR分子标记的开发及其遗传多样性分析

编号 zgly0001533084

文献类型 期刊论文

文献题名 越橘EST-SSR分子标记的开发及其遗传多样性分析

作者 孙海悦  郭瑞雪  王佳卉  盖钰卓  刘禹姗  董梅  李亚东 

作者单位 吉林农业大学园艺学院  沈阳农业大学园艺学院 

母体文献 西北农林科技大学学报(自然科学版 

年卷期 2016年12期

年份 2016 

分类号 S663.9 

关键词 越橘  EST  SSR  遗传多样性 

文摘内容 【目的】探讨越橘EST序列中SSR位点的分布规律,开发越橘EST-SSR引物,并分析其在越橘品种遗传多样性研究中的作用。【方法】以91份越橘种质为材料,利用越橘果实转录组(RNA-Seq)的测序结果,通过SSRIT在线搜索,利用Primer Premier 5.0软件设计30对引物,并筛选扩增效果理想的引物,用筛选出的引物分析91份种质的多态性,构建91份种质的系统发育树。【结果】34 464条越橘unigene序列中含有SSR位点的序列有829条,SSR位点有913个,其中二核苷酸、三核苷酸重复是主要的SSR类型,分别占全部SSR位点的13.69%和81.27%。不同核苷酸数目重复基元的重复次数差异很大;越橘EST-SSR位点集中在11~15bp;三核苷酸和六核苷酸重基元复种类最多,在所有重复基元中GAA/TTC发生频率最高。设计的30对引物中有17对引物在供试越橘种质中扩增出理想的PCR产物,17对引物均有多态性。聚类分析结果显示,在遗传相似系数为0.69时,可以将供试越橘种质分成4组。【结论】EST-SSR标记可以用于越橘品种的鉴定与遗传多样性分析。