草莓EST—SSR标记开发及在品种遗传多样性分析中的应用

编号 zgly0000773328

文献类型 期刊论文

文献题名 草莓EST—SSR标记开发及在品种遗传多样性分析中的应用

学科分类 220.45;经济林学

作者 董清华  王西成  赵密珍  宋长年  葛安静  王静 

作者单位 北京农学院植物科学技术学院  南京农业大学园艺学院/江苏省果树品种改良与种菌繁育工程中心 

母体文献 中国农业科学 

年卷期 2011,44(17)

页码 3603-3612

年份 2011 

分类号 S635.1 

关键词 草莓  EST  SSR  遗传多样性 

文摘内容 【目的】探讨草莓EST序列中SSR位点的分布规律, 开发草莓EST—SSR引物, 并分析其在草莓品种遗传多样性研究中的应用。【方法】从NCBI公共数据库下载草莓表达序列标签(expressed sequence tag, EST)55750条, 利用MISA软件查找SSR位点, 并利用Primer3.0 Plus软件设计60对引物, 通过非变性聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)研究这些SSR引物的PCR扩增特点, 并对部分扩增产物进行克隆和测序, 以验证其真实性。【结果】55750条草莓EST序列含有SSR位点的序列1334条, SSR位点1490个。其中, 二核苷酸、三核苷酸和六核苷酸重复是最主要的SSR类型, 分别占36.17%、26.51%和19.87%。60对引物中有42对引物能在20个草莓品种中扩增出理想的PCR产物, 其中36对引物扩增条带具有多态性。利用11对验证的EST—SSR引物分析了20个草莓品种的亲缘关系。【结论】草莓EST-SSR标记的开发对于草莓品种鉴定与遗传多样性分析具有重要应用价值。