鹅耳枥属树种叶绿体基因组结构及变异分析

编号 zgly0001724111

文献类型 期刊论文

文献题名 鹅耳枥属树种叶绿体基因组结构及变异分析

作者 赵儒楠  褚晓洁  刘维  何倩倩  祝遵凌 

作者单位 南京林业大学风景园林学院  浙江师范大学化学与生命科学学院  南京林业大学艺术设计学院 

母体文献 南京林业大学学报:自然科学版 

年卷期 2021,45(2)

页码 25-34

年份 2021 

分类号 Q941 

关键词 鹅耳枥属  叶绿体基因组  变异  进化  系统发育 

文摘内容 【目的】了解鹅耳枥属(Carpinus)树种叶绿体基因组基因组成及结构特征,为鹅耳枥属的系统发育及基因组进化研究提供参考。【方法】获取鹅耳枥属16个树种的叶绿体基因组,对其进行基因注释,利用生物信息学方法比较叶绿体基因组间的结构特征与变异程度,并以麻栎(Quercus acutissima)为外类群分析了鹅耳枥属的系统发育关系。【结果】鹅耳枥属16个树种的叶绿体基因组均为双链环形结构,均包含1个长单拷贝区(LSC)、1个短单拷贝区(SSC)以及2个反向重复区(IRa和IRb)。叶绿体基因组大小差异较小,最大差异仅1 902 bp。基因排列顺序基本一致,各基因数量相对保守,其中核糖体RNA(rRNA)数量最为保守,所有树种均为8个。此外,鹅耳枥属树种叶绿体基因组在序列长度、基因组成以及GC含量等方面相对保守,但4个边界存在明显的多样性。鹅耳枥属叶绿体基因组中非基因编码区存在较大差异,变异程度较高,而基因编码区差异较小,具有较高的保守性。在叶绿体基因组4个部分中,LSC区的变异程度最高,IRa区的变异程度最低。鹅耳枥属叶绿体基因组中psbA、rps16、atpA、rps19、ndhF、ndhI以及ycf1等基因的编码区存在显著差异。此外,ycf3-trnS,trnS-rps4,trnH-psbA,psbZ-trnfM,matK-rps16,rps16-trnQ,trnQ-psbK,ccsA-ndhD,accD-psaI,ndhC-trnV,trnT-trnL,trnF-ndhJ,atpB-rbcL,trnT-psbD,trnE-trnT,trnD-trnY,rpl32-trnl等基因间隔区的非编码区差异较大。绝大部分基因的编码区长度十分保守,含内含子的蛋白编码基因长度变异主要来源于内含子长度或编码区长度。系统发育分析结果将鹅耳枥属划分为鹅耳枥组与千金榆组,此外由于地理隔离导致欧洲鹅耳枥(C.betulus)、美洲鹅耳枥(C.caroliniana)与鹅耳枥属其他树种表现出较远的亲缘关系。【结论】鹅耳枥属树种叶绿体基因组具有较高的保守性,其基因排列顺序基本一致,未检测到大规模的倒位或?