光叶子花及紫茉莉科植物叶绿体基因组序列的比较分析

编号 zgly0001738642

文献类型 期刊论文

文献题名 光叶子花及紫茉莉科植物叶绿体基因组序列的比较分析

作者 杨琳懿  赵文植  辛静  董章宏  马路遥  李卫英  王飞  辛培尧 

作者单位 西南林业大学国家林业和草原局西南风景园林工程技术研究中心  西南林业大学西南地区生物多样性保育国家林业和草原局重点实验室 

母体文献 西部林业科学 

年卷期 2022,51(2)

页码 66-73

年份 2022 

分类号 S685.16 

关键词 光叶子花  叶绿体基因组  系统发育分析 

文摘内容 对光叶子花叶绿体基因组特征进行分析,探究其与近缘种之间的系统发育关系。本研究通过NCBI数据库,下载已公布的石竹目(Caryophyllaceae)12个种的叶绿体基因组序列,以秘鲁叶子花叶绿体基因组作为参考,通过Genious中的MAFFT软件进行序列比对,并利用生物信息学手段进行特征分析。结果显示:光叶子花叶绿体基因组长度为154763 bp,LSC区长度为85921 bp,SSC区长为18018 bp,一对IR区均长25412 bp,呈典型的四分体结构。注释基因有131个,蛋白编码基因86个,tRNA基因37个还有8个rRNA基因,平均GC含量为36.4%。利用MISA软件在紫茉莉科9个种的叶绿体基因组中共检测到605个SSR,重复类型中以单核苷酸最多582个,占总SSR的96.2%。重复基元最多的是A/T,572个,占比94.5%。紫茉莉科不同物种的叶绿体基因组IR边界区的基因类型和基因分布情况存在一定差异,但相对比较保守。紫茉莉科9个种叶绿体基因组之间检测到6个高变区,rps16-trnQ、rps4-trnL、ndhC-trnV、rps3-rpl22、ndhF-rpl32和ycf1。系统发育分析表明,光叶子花和叶子花在亲缘关系上关系最近。