东南石栎ISSR-PCR反应体系的优化

编号 zgly0001347483

文献类型 期刊论文

文献题名 东南石栎ISSR-PCR反应体系的优化

作者 刘丽丽  金则新  李建辉  李钧敏 

作者单位 北京林业大学自然保护区学院  台州学院生态研究所 

母体文献 西北林学院学报 

年卷期 2008年05期

年份 2008 

分类号 S792.180.4 

关键词 东南石栎  ISSR  优化  遗传多样性 

文摘内容 为了利用ISSR分子标记进行东南石栎(Lithocarpus harlandii)种群遗传多样性分析,获得重复性和可靠性较高的ISSR带谱,有必要对其影响因素进行优化。以东南石栎基因组DNA为研究对象,测试东南石栎ISSR扩增的最适退火温度,并采用单因素试验,对影响PCR扩增效果的一些因素,如Mg2+浓度、4×dNTP浓度、模板DNA用量、引物用量、BSA浓度、TaqDNA聚合酶用量等6个因素进行筛选和优化,最终确立了可用于东南石栎ISSR-PCR分析的最适宜的PCR反应条件:10μLPCR反应体积中,1×Taq酶配套缓冲液(200mmol·L-1Tris-HCl,pH值8.8,100mmol·L-1KCl,1%TritonX-100),0.5U Taq DNA聚合酶,2.25mmol·L-1MgCl2,0.5mmol·L-14×dNTP,6pmol引物,2mg·mL-1BSA,10ng模板DNA。在此最适条件下,比较了降落PCR的扩增结果与最适退火温度条件下的PCR扩增结果的差异,确定了最适的ISSR扩增程序:94℃预变性5min,94℃变性1min,57℃退火1min(每个循环降低0.5℃),72℃延伸1.5min,共10个循环;94℃变性1min,52℃退火1min,72℃延伸1.5min,共25个循环;72℃延伸5min。以此条件采用12个引物对千岛湖的东南石栎居群进行扩增,共扩增出174个DNA片段,多态位点百分率为81.61%,种群内遗传多样性处于较高水平。