枣转录因子ERF 3′端序列克隆及生物信息学分析

编号 zgly0000834599

文献类型 期刊论文

文献题名 枣转录因子ERF 3′端序列克隆及生物信息学分析

作者 陈莹莹  苑赞  赵锦  刘孟军 

作者单位 河北农业大学中国枣研究中心  河北农业大学生命科学学院 

母体文献 北方园艺 

年卷期 2014(22)

页码 93-97

年份 2014 

关键词 枣  ZjERF  3′端序列克隆  生物信息学分析 

文摘内容 以枣为试材,根据GenBank中登录的苹果、拟南芥等植物EFR保守序列设计引物,采用同源克隆法克隆出该基因3′端序列并对其编码的蛋白进行了生物信息学分析。结果表明:该试验克隆获得1条长度为959bp的条带;经过序列分析,该序列包含典型的AP2/EREBP保守结构域,与桑树、欧洲山毛榉和欧洲栗ERF基因序列相似度分别为79%、78%、77%;系统进化树分析显示,枣的ZjERF与可可树、陆地棉和海岛棉的AP2/EREBP亲缘关系较近,属于ERF家族的B2亚群;此外,还用Swiss Model程序(http://au.expasy.org/tools/)预测了ZjERF基因编码蛋白的三维结构。