杜仲果实和叶片转录组数据组装及基因功能注释

编号 zgly0000809594

文献类型 期刊论文

文献题名 杜仲果实和叶片转录组数据组装及基因功能注释

学科分类 220.45;经济林学

作者 李铁柱  杜红岩  刘慧敏  乌云塔娜  王淋  叶生晶 

作者单位 中南林业科技大学生命科学与技术学院  中南林业科技大学资源与环境学院经济林育种与栽培国家林业局重点实验室  中南林业科技大学资源与环境学院经济林育种与栽培国家林业局重点实验室  中国林业科学研究院 

母体文献 中南林业科技大学学报 

年卷期 2012(11)

页码 122-130

年份 2012 

分类号 S722.3 Q945 

关键词 杜仲  果实  叶片  转录组  基因功能 

文摘内容 所构建的杜仲果实和叶片转录组数据库获得了54471338条reads数据, 包含4902420420nt数据信息, 对reads进行拼接, 获得了452421条Contig, 总长度为90705736nt; 对contig进行拼接后, 获得了147027条Scaffold, 总长度为65877052nt; 同理, 对Scaffold进一步拼接后, 获得了49610条Unigene, 总长度为37616729nt; Unigene和COG数据库进行比对表明, 杜仲果实和叶片转录组中的Unigene根据功能大致可分为25类; 杜仲果实和叶片转录组中的Unigene根据GO功能可分为生物过程、细胞组分和分子功能3大类42分支; 以KEGG数据库为参考, 依据代谢通路可以将转录组中的数据分成125类, 包括脂类代谢, DNA剪切, 植物激素生物合成, 苯丙氨酸生物合成, 萜类化合物与类固醇类化合物合成等。