广藿香幼叶与成熟叶片转录组数据组装及基因功能注释

编号 zgly0001577148

文献类型 期刊论文

文献题名 广藿香幼叶与成熟叶片转录组数据组装及基因功能注释

作者 陈赫  吴友根  杨豫章  庞真真  张军锋  于靖 

作者单位 海南大学热带农林学院 

母体文献 分子植物育种 

年卷期 2018年07期

年份 2018 

分类号 S567.239 

关键词 广藿香  转录组  基因功能 

文摘内容 为了进一步阐明广藿香中药用活性成分生物合成的分子机制,本研究以海南广藿香幼叶及成熟叶片为材料,采用BGISEQ-500高通量测序平台进行转录组测序,分别获得了63 751 826条和65 949 390条clean reads,平均读长为90 nt。De novo组装后将All-unigene分别注释到Nr、KOG、GO、KEGG、Swiss-Prot、Inter Pro数据库,对每个数据库注释的Unigene数目进行统计,共有162 509条Unigene有对应的功能信息,其中105 430条Unigene被注释到Nr数据库,显示与芝麻有69.87%的相似度;有83 369条Unigene被注释到KOG数据库,根据功能将其分为25类;有12 261条Unigene与GO数据库中的基因具有相似性,将其归为3大类中49个功能组;有79 053条Unigene被注释到KEGG的代谢通路中,分属于124类代谢通路,包括次生代谢物质生物合成、倍半萜和三萜类化合物生物合成、黄酮和黄酮醇生物合成、花青素生物合成等。该研究结果对广藿香药用活性成分生物合成与代谢、关键酶基因克隆以及分子标记开发等研究有一定的帮助。