杜仲幼果和成熟果实转录组数据组装及基因功能注释

编号 zgly0000809599

文献类型 期刊论文

文献题名 杜仲幼果和成熟果实转录组数据组装及基因功能注释

学科分类 220.45;经济林学

作者 李铁柱  杜红岩  刘慧敏  乌云塔娜  王淋  叶生晶 

作者单位 中南林业科技大学生命科学与技术学院  国家林业局  中南林业科技大学资源与环境学院经济林育种与栽培国家林业局重点实验室  中国林业科学研究院 

母体文献 中南林业科技大学学报 

年卷期 2012(10)

页码 9-17

年份 2012 

分类号 S759.35 

关键词 杜仲  幼果  成熟果实  转录组  基因功能 

文摘内容 对杜仲幼果和成熟果实进行测序后,共获得了53 080 588个reads片段,包含了4 777 252 920个核苷酸序列信息,对reads进行拼接,共获得了921 902个Contig片段,序列信息达到了129 461 462 nt;在Contig数据的基础上,进一步采用over-lap的方法进行拼接,共获得了190 518个Scaffold片段,序列信息达到了67 868 367 nt;在Scaffold数据的基础上,进一步拼接,数据共获得了64 474个Unigene片段,序列信息达到了39 120 703 nt;Unigene和COG数据库进行比对表明,杜仲幼果和成熟果实转录组中的Unigene根据功能大致可分为25类;Unigene根据GO功能大致可分为生物过程、细胞组分和分子功能3大类44分支;利用KEGG数据库作为参考,依据代谢通路可以将转录组中的数据分成119类,包括生化代谢通路、植物—真菌互作、DNA剪切、植物激素生物合成、苯丙氨酸生物合成、萜类化合物与类固醇类化合物合成、脂类代谢、RNA降解等。