枣类甜蛋白基因家族的鉴定与生物信息学分析

编号 zgly0001575623

文献类型 期刊论文

文献题名 枣类甜蛋白基因家族的鉴定与生物信息学分析

作者 刘潮  韩利红  王海波  高永  唐利洲 

作者单位 曲靖师范学院云南高原生物资源保护与利用研究中心·生物资源与食品工程学院·云南省高校云贵高原动植物多样性及生态适应性进化重点实验室 

母体文献 果树学报 

年卷期 2018年04期

年份 2018 

分类号 S665.1 

关键词 枣  类甜蛋白  生物信息学  密码子使用性 

文摘内容 【目的】从枣全基因组中鉴定类甜蛋白(thaumatin like protein,TLP)基因,为枣TLP基因的功能研究与利用提供参考。【方法】通过生物信息学方法从枣基因组数据库中鉴定TLP基因家族成员,并对基因结构、进化、启动子区顺式作用元件和密码子使用性等进行分析。【结果】共鉴定到34个枣TLP基因,位于9条染色体上,分为4种结构类型,基因结构相对较简单;系统发育进化分析归为9个聚类组,其中聚类组5和聚类组6中的成员最多;基因启动子区发现多个与增强基因表达、激素响应和胁迫响应相关的元件;基因密码子使用偏性弱,基因进化主要受碱基突变的影响。【结论】枣基因组中含有34个TLP基因家族成员,数量相对偏少;在植物生长、果实发育和抵御胁迫过程中发挥作用;进化过程中主要受突变选择压力影响。该研究为TLP基因家族的功能分析和遗传育种应用提供了参考和借鉴。