枣GATA转录因子家族生物信息学分析

编号 zgly0001644851

文献类型 期刊论文

文献题名 枣GATA转录因子家族生物信息学分析

作者 陈国梁  祖欢欢  张昊  薛宝平  任彤  周翀 

作者单位 延安大学生命科学学院  陕西省红枣重点实验室 

母体文献 分子植物育种 

年卷期 2018年15期

年份 2018 

分类号 Q943.2  S665.1 

关键词 枣  GATA  转录因子  生物信息学 

文摘内容 为了深入研究枣GATA转录因子家族的基因功能以及为枣的分子育种提供科学依据。本研究利用NCBI、TAIR、Planttfdb、HMMER、Pfam、SMART、MEME、GSDS、Plant Care、STRING在线网站以及DNAMAN6、Map Inspect和MEGA5软件,对枣GATA转录因子的个数、理化特征、染色体定位、系统进化树、保守基序、基因结构和蛋白功能联系预测进行了分析。结果表明:枣含有28个GATA转录因子,根据结构域的不同分为四个亚族:GroupⅠ、GroupⅡ、GroupⅢ和GroupⅣ。其中GroupⅢ和GroupⅣ处在进化树的同一分支。另外,枣12条假染色体上共鉴定到7条染色体分布有枣GATA基因(22条),其中第6条、第8条、第9条和第10条染色体分布最多(4个),第12条分布最少(1个)。同一亚类里枣GATA转录因子含有相同的保守基序,基因结构也比较相似。本研究对于进一步认识枣GATA单个基因的功能以及基因之间的功能、基因进化和分子育种具有重要的意义。