香蕉细菌性软腐病菌XJ8-3-3基因组中ORFs的信号肽及分泌蛋白功能预测分析

编号 zgly0001474084

文献类型 期刊论文

文献题名 香蕉细菌性软腐病菌XJ8-3-3基因组中ORFs的信号肽及分泌蛋白功能预测分析

作者 肖文超  范会云  白亭亭  王婉  李华平 

作者单位 亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室  华南农业大学资源环境学院  广东省微生物信号与作物病害防控重点实验室 

母体文献 果树学报 

年卷期 2014年06期

年份 2014 

分类号 S436.68 

关键词 香蕉细菌性软腐病菌  信号肽  分泌蛋白 

文摘内容 【目的】利用香蕉细菌性软腐病菌XJ8-3-3全基因组测序结果对其信号肽进行预测和分析,为深入研究其分泌蛋白、明确香蕉与病原微生物互作的分子机制奠定基础。【方法】应用Signal Pv4.1、TMHMMv2.0、THUMBUP、Target P1.1、Lipo P1.0、Tat P1.0、big-PI predictor 7个软件对香蕉细菌性软腐病菌基因组中4 313个ORFs进行预测分析,并通过swisspot数据库预测信号肽所在ORFs的功能。【结果】香蕉细菌性软腐病菌中存在具有信号肽的ORFs 218个,占其基因组编码ORFs的5.05%,其中有184个ORFs属于Ⅰ型信号肽,32个ORFs属于Ⅱ型信号肽,2个ORF为CYT型,未发现Prepilin-like型信号肽的存在。在所有分泌蛋白中,有122个具有可预测的功能,其余96个为功能未知的推定蛋白。【结论】解析了香蕉细菌性软腐病菌基因组ORFs中的信号肽及分泌蛋白的可能功能,发现存在很多果胶酶、蛋白酶、纤维素酶等致病因子和一系列其他可能的致病因子,这为后续致病机理的研究提供了众多候选基因。