84K杨4CL3/4CL5基因克隆及生物信息学分析

编号 zgly0001675665

文献类型 期刊论文

文献题名 84K杨4CL3/4CL5基因克隆及生物信息学分析

作者 孙晓莎  王遂  赵曦阳  曲冠证 

作者单位 林木遗传育种国家重点实验室东北林业大学 

母体文献 植物研究 

年卷期 2019年04期

年份 2019 

分类号 S792.11 

关键词 84K杨  4CL基因  克隆  生物信息学分析 

文摘内容 木质素是木材的重要组成成分,主要起机械支持、水分运输及防御病虫害等作用。4CL酶是控制木质素合成途径中的关键酶之一。利用PCR技术从84K杨幼叶c DNA中克隆得到Pag4CL3/4CL5基因,Gen Bank登录号分别为MK183033(Pag4CL3)及MK183034(Pag4CL5)。利用生物信息学软件,对这两个基因的功能和特征进行分析。结果发现84K杨中4CL3/4CL5蛋白与毛果杨中4CL3/4CL5蛋白相似度高达97%;此外,均含有SSGTTGLPKGV和GEICIRG两个保守基序;亚细胞定位预测显示Pag4CL3/4CL5蛋白主要定位在内质网中,推测可能是一种膜蛋白;蛋白的亲水性预测Pag4CL3/4CL5均为亲水性蛋白。通过qRT-PCR分析Pag4CL3/4CL5在不同组织部位中的表达差异,结果发现Pag4CL3在叶及茎中表达量较高,在根和顶芽中表达量较低; Pag4CL5在叶及根中表达量较高,在茎和顶芽中表达量较低,两个同源基因表达具有组织部位的差异性。Pag4CL3和Pag4CL5可能在叶中共同行使功能,Pag4CL5主要在根中行使功能,Pag4CL3主要在茎中行使功能。