ZBED 6基因敲除猪脾脏转录组测序数据分析

编号 zgly0001742655

文献类型 期刊论文

文献题名 ZBED 6基因敲除猪脾脏转录组测序数据分析

作者 赵海东  陈平博  韦燕佩  邬明丽  易晓华  杜敏杰  魏泽辉  孙秀柱 

作者单位 西北农林科技大学动物科技学院  成都中科奥格生物科技有限公司 

母体文献 家畜生态学报 

年卷期 2022,43(6)

页码 17-24

年份 2022 

分类号 Q78  S828 

关键词 ZBED 6  基因编辑猪  脾脏  转录组测序  差异表达基因 

文摘内容 ZBED 6基因作为一个重要的瘦肉型猪育种分子靶点已经在基因编辑育种工作中获得了一定效果,但基因编辑猪免疫机能是否存在缺陷尚需科学研究支持。该研究收集了ZBED 6-SKO和WT猪脾脏组织并结合转录组测序技术,发掘差异表达基因,对差异表达基因进行生物信息学相关分析。结果表明:通过转录组测序获得了每个样本超过6 Gb的数据,数据比对显示比对率均高于90%,能够满足后续分析需要。以TPM为单位,获得表达具有显著差异的基因集(FDR《0.05,FC》2),发现在ZBED6-SKO组和WT组之间仅存在9个差异表达基因,其中5个基因上调,4个基因下调,分别为IL4R、DCAKD、FAM91A1、ZNF140、ATP6V1D、ENDOV、ZNF333、PLOD2、R-SSC-211859。同时在GO聚类、KEGG聚类和KOG聚类当中均未获得显著富集的相关基因集。数据表明在进行基因编辑操作之后,ZBED 6-SKO猪的脾脏免疫功能没有发生明显变化。该研究首次通过对ZBED 6基因敲除猪脾脏组织进行基因表达水平的探究,发现在基因编辑操作后获得的动物体在脾脏免疫机能上与野生型不存在较高水平的差异,并未发现ZBED 6基因敲除猪脾脏免疫缺陷相关证据,关于基因编辑猪免疫缺陷的背后机制仍有待进一步探明。