短丝木犀转录组测序及类胡萝卜素生物合成相关基因表达分析

编号 zgly0001502749

文献类型 期刊论文

文献题名 短丝木犀转录组测序及类胡萝卜素生物合成相关基因表达分析

作者 陈林  李龙娜  戴亚平  杨国栋 

作者单位 南方现代林业协同创新中心南京林业大学生物与环境学院  南京农业大学农业生物学虚拟仿真实验教学中心 

母体文献 南京林业大学学报(自然科学版 

年卷期 2016年05期

年份 2016 

分类号 S685.99 

关键词 短丝木犀  香花树种  转录组测序  单基因簇  差异表达基因  实时荧光定量PCR 

文摘内容 短丝木犀(Osmanthus serrulatus)是我国特有的木犀属香花树种,具有极高的开发应用前景。笔者以短丝木犀为研究材料,应用Illumina HISeqTM2000高通量测序平台,对短丝木犀的花和叶芽进行转录组深度测序和拼接组装,构建和预测了短丝木犀不同组织间的基因表达谱及其代谢通路。转录组测序共获得16.94 G的有效数据,经Trinity从头组装得到92 798条单基因簇(unigenes),其中35 851条unigenes与Nr、Nt、Pfam、KOG、Swiss-Prot、KEGG、PFAM等7大公共数据库比对获得了基因功能注释信息。由KEGG代谢通路分析发现,共有8 779条unigenes参与到262个代谢通路中,其中参与到色素和香味代谢的基因分别有53条和335条。此外,针对6条在短丝木犀花和叶芽间显著差异表达的参与类胡萝卜素生物合成的相关基因,通过实时荧光定量PCR,验证了它们在不同组织间的表达模式。