基于转录组数据的荔枝蒂蛀虫SSR位点信息分析

编号 zgly0001561050

文献类型 期刊论文

文献题名 基于转录组数据的荔枝蒂蛀虫SSR位点信息分析

作者 孟翔  胡俊杰  李艳华  欧阳革成 

作者单位 广东省生物资源应用研究所广东省动物保护与资源利用重点实验室广东省野生动物保护与利用公共实验室  广州大学生命科学学院 

母体文献 环境昆虫学报 

年卷期 2017年06期

年份 2017 

分类号 S433 

关键词 荔枝蒂蛀虫  转录组  简单重复序列  重复类型  重复基元 

文摘内容 荔枝蒂蛀虫Conopomorpha sinensis Bradley是专一性危害我国荔枝和龙眼的重要害虫。简单重复序列标记(Simple sequence repeat,SSR)为短串联重复序列或微卫星标记,其在荔枝蒂蛀虫偏嗜选择寄主的遗传进化机制研究和荔枝蒂蛀虫综合治理中具有重要意义。本研究基于高通量测序获得的荔枝蒂蛀虫转录组数据,利用MISA软件从68996条转录组unigenes结果中发掘出10521个SSR位点,出现频率为15.25%。荔枝蒂蛀虫转录组中SSR的主要重复类型为单碱基重复,占SSR总数的66.22%。其次是三碱基重复,占SSR总数的24.94%。在发现的33种重复基元中共筛选获得8种优势重复基元,其中A/T在单碱基重复基元中所占的比例达98.55%。基于筛选的SSR设计的9对引物中,有4对引物得到扩增预期大小的条带。荔枝蒂蛀虫SSR位点的信息分析将为探究荔枝蒂蛀虫种群遗传结构、遗传多样性和进化关系、害虫综合治理等研究提供重要科学依据。