沟眶象转录组微卫星特征分析

编号 zgly0001524573

文献类型 期刊论文

文献题名 沟眶象转录组微卫星特征分析

作者 武政梅  高朋  温俊宝 

作者单位 北京林业大学林木有害生物防治北京市重点实验室 

母体文献 环境昆虫学报 

年卷期 2016年05期

年份 2016 

分类号 S763 

关键词 沟眶象  微卫星  转录组  重复类型  重复基元 

文摘内容 本研究基于高通量测序获得的沟眶象Eucryptorrhynchus chinensis(Olivier)转录组数据,采用MISA(Micro Satellite)软件对其简单序列重复(simple sequence repeat,SSR)位点进行了高通量发掘。对筛选得到的1 kb以上的Unigene(17590条,占Unigene总数的26.98%)进行了SSR分析,结果发现含SSR的序列有1665条,共发现1823个SSR,平均32.52 kb出现一个SSR。沟眶象微卫星主要以三碱基重复类型为主(637,34.94%),其次为单碱基重复(576,31.60%)。共发现104种碱基重复基元,所占比例最高的为(A/T)n(30.39%),其次为(AT/AT)n(6.91%)。沟眶象SSR的平均长度为15.74 bp,长度大于20 bp的SSR仅占总数的12.70%。研究还发现沟眶象微卫星出现的频率和其长度呈极显著负相关(P<0.01),相关系数为-0.572。研究结果为开发高多态性微卫星引物来进行沟眶象功能基因组学、种群遗传结构、种群遗传多样性等研究奠定了基础。