优雅蝈螽转录组和基因组浅层测序结果中SSR位点鉴定、特征及分布规律

编号 zgly0001677689

文献类型 期刊论文

文献题名 优雅蝈螽转录组和基因组浅层测序结果中SSR位点鉴定、特征及分布规律

作者 周志军  韩媛吕  甄云霞  柴金艳 

作者单位 河北大学生命科学学院动物系统学与应用重点实验室 

母体文献 环境昆虫学报 

年卷期 2019年04期

年份 2019 

分类号 Q963 

关键词 优雅蝈螽  高通量测序  简单重复序列  转录组  基因组浅层测序 

文摘内容 优雅蝈螽Gampsocleis gratiosa是一种在我国具有悠久人工饲养历史的鸣虫。简单重复序列（Simple sequence repeats,SSR）非常适用于种群遗传研究。本文运用MISA软件分别在优雅蝈螽转录组和基因组浅层测序结果中发现15 042和40 611个SSR位点。转录组中,双碱基型最为丰富5 444个（36.19%）,其次为单碱基型4 785个（31.81%）和三碱基型4 273个（28.41%）,而四碱基型514（5.83%）和五碱基型26（0.33%）极少,没有发现六碱基型。基因组浅层测序结果中,以三碱基型（38.89%）和四碱基型（38.43%）最为丰富,单碱基型（10.34%）和双碱基型（11.72%）次之,五碱基型（0.54%）和六碱基型（0.08%）最少。基因组浅层测序结果中SSR位点的密度为876.20个/Mb,约为转录组143.06个/Mb的6倍。利用primer 32.2.3搜索发现优雅蝈螽转录组和基因组浅层测序结果中侧翼序列满足设计引物条件的完整型SSR位点数分别为9 969个（70.18%）和21 437个（67.75%）。本研究加深了对优雅蝈螽基因组的认识和了解,并为下一步大量开发和筛选高质量微卫星标记提供数据支持。