应用转录组测序高通量发掘东方粘虫SSR标记

编号 zgly0001541020

文献类型 期刊论文

文献题名 应用转录组测序高通量发掘东方粘虫SSR标记

作者 李微  张蕾  程云霞  罗礼智  江幸福 

作者单位 中国农业科学院植物保护研究所植物病虫害生物学国家重点实验室 

母体文献 植物保护学报 

年卷期 2017年03期

年份 2017 

分类号 S433.4 

关键词 粘虫  SSR  转录组  重复基元 

文摘内容 为高通量发掘粘虫Mythimna separata(Walker)的SSR标记,利用MISA软件对第2代转录组测序获得的108 494条粘虫unigenes进行SSR检测。结果显示,共发现12 483个SSR位点,出现频率为11.505%,分布于10 685条unigenes中,发生频率为9.848%,平均每6 126 bp含有1个SSR位点。单核苷酸和三核苷酸是主要重复类型,分别占SSR总数的75.206%和15.325%;六核苷酸重复所占比例最小,仅为0.008%。粘虫转录组SSR中共发现42种重复基元,单核苷酸重复基元A/T出现频率最高,占总SSR的74.141%;其次是AC/GT和ATC/ATG,分别占4.390%和4.094%。10次重复的SSR数量最多,有6 557个,占总SSR的52.527%;11次重复的为1 872个,占14.996%;12次以上重复所占比例均不足5.000%。表明粘虫转录组中SSR位点数量多、出现频率高、基元类型丰富。