miRNA在植物病毒基因组中的靶基因预测及分析

编号 zgly0001493880

文献类型 期刊论文

文献题名 miRNA在植物病毒基因组中的靶基因预测及分析

作者 王艳芳  赵彦宏  于佳丽  刘林德 

作者单位 鲁东大学生命科学学院  鲁东大学农学院 

母体文献 植物保护 

年卷期 2015年06期

年份 2015 

分类号 S432.41 

关键词 miRNA  植物病毒  靶基因预测  生物信息学 

文摘内容 microRNA(miRNA)是一类长约22nt的内源性的非编码小RNA,在植物的生长发育和胁迫响应中起重要调控作用。本文通过生物信息学的方法,在miRBase中下载了12种植物的miRNA序列;在DPVweb和VIDE病毒数据库中查找侵染这些植物的病毒,并在NCBI数据库中搜索其基因组序列,共获得173种病毒的基因组序列。用psRNATarget在线软件预测植物miRNA在植物病毒中的靶基因,发现植物miRNA可能参与调控包括聚合蛋白、衣壳蛋白、逆转录酶、复制相关基因、通读蛋白、依赖RNA的RNA聚合酶等多种植物病毒基因的表达。