PEG和NaCl胁迫下毛竹萌发种子的MicroRNAs表达谱分析

编号 zgly0001747279

文献类型 期刊论文

文献题名 PEG和NaCl胁迫下毛竹萌发种子的MicroRNAs表达谱分析

作者 王晓静  王涛  杨凯  李潞滨 

作者单位 林木遗传育种国家重点实验室  北京市花卉园艺工程技术研究中心/城乡生态环境北京实验室  北京农学院植物科学与技术学院  运城学院生命科学系 

母体文献 林业科学研究 

年卷期 2023,36(2)

页码 107-118

年份 2023 

分类号 S795 

关键词 毛竹  种子萌发  PEG  NACL  miRNA 

文摘内容 [目的 ]鉴定和分析不同干旱和盐胁迫下毛竹种子在露白时期的microRNAs(miRNAs)及其表达模式。[方法 ]分别使用聚乙二醇(PEG6000)和氯化钠(NaCl)模拟干旱和盐胁迫,构建H2O、10%PEG、15%PEG、50 mmol·L^(-1)NaCl和100 mmol·L^(-1)NaCl处理下毛竹露白时期种子的small RNA文库,通过高通量测序和生物信息学分析揭示样本中的miRNA及其表达谱。[结果 ]通过small RNA测序共鉴定了246条已知miRNAs的成熟体序列,并预测得到262条novel miRNAs的成熟体序列;在毛竹种皮破裂阶段的种子中,丰度最高的已知miRNA为miR166,其次是miR159、miR6478、miR319等;根据miRNA靶基因预测结果,靶基因数量最多的已知miRNA属于MIR396家族,PH02Gene13935(GAMYB)被预测受到MIR159、MIR319、MIR396家族共28个miRNAs的调控;在6个比较组中共鉴定了181个差异表达miRNA,与对照组相比,10%PEG、15%PEG、50 mmol·L^(-1)NaCl和100 mmol·L^(-1)NaCl胁迫下表达水平最高且显著差异表达的已知miRNA分别为phe-miR171e-5p、phe-miR3630-3p、phe-miR171e-5p和phe-miR159a.1;差异表达miRNA靶基因能够显著富集在不同的GO和KEGG途径中;对10个差异表达miRNAs进行qRT-PCR验证,荧光定量结果的整体趋势和测序数据一致。[结论 ]毛竹种皮破裂阶段种子中积累了大量的miR159、miR6478、miR319等已知miRNA,且在对照和胁迫处理组中均具有高表达水平,可能在毛竹种子萌发中具有保守调控作用;与对照组相比,phe-miR171e-5p、phe-miR3630-3p、phe-miR171e-5p和phe-miR159a.1在10%PEG、15%PEG、50 mmol·L^(-1)NaCl、100 mmol·L^(-1)NaCl胁迫下分别显著差异表达,能够在毛竹种子露白阶段响应PEG或NaCl胁迫。