不同倍性桤木属植物的转录组测序和分析

编号 zgly0001529023

文献类型 期刊论文

文献题名 不同倍性桤木属植物的转录组测序和分析

作者 饶龙兵  杨汉波  郭洪英  段红平  陈益泰 

作者单位 中国林业科学研究院亚热带林业研究所  四川省林业科学研究院  云南农业大学资源与环境学院 

母体文献 分子植物育种 

年卷期 2016年11期

年份 2016 

分类号 Q943.2 

关键词 桤木属  转录组  Illumina高通量测序技术  SSR 

文摘内容 本研究采用Illumina高通量测序技术对3种不同倍性的桤木属植物混合样品进行转录组测序,利用生物信息学方法开展基因表达谱的研究、功能基因的预测。测序结果组装获得85 769个Unigene,总长50 200 910 bp,功能注释到NR、NT、Swiss-Prot、KEGG、COG、GO库的Unigene分别是45 172、38 673、29 181、25 096、14 968和30 675个,所有注释上的Unigene是48 204个。根据KEGG pathway数据库,对桤木转录组的Contig进行pathway生物学通路的注释和预测,共识别出25 096个Unigene具有对应的功能,并关联到128条生物学通路。SSR查找发现,从85 769个Unigene中找到8 678个SSR位点,占Unigene总数的比例为10.11%。其中,二核苷酸重复所占比例最高,达到65.87%,其次是三核苷酸重复,为28.36%,四、五、六核苷酸重复类型的数量很少,总计5.77%。SSR不同重复单元类型中,出现频率最高的为AG/CT,其次是AAG/CTT和AT/AT。