基于桤木属转录组测序的SSR分子标记的开发

编号 zgly0001527649

文献类型 期刊论文

文献题名 基于桤木属转录组测序的SSR分子标记的开发

作者 饶龙兵  杨汉波  郭洪英  段红平  陈益泰 

作者单位 中国林业科学研究院亚热带林业研究所  四川省林业科学研究院  云南农业大学资源与环境学院 

母体文献 林业科学研究 

年卷期 2016年06期

年份 2016 

分类号 S792.14 

关键词 桤木属  转录组  SSR  引物 

文摘内容 [目的]基于转录组数据开发适用于桤木属树种的SSR标记,揭示其在转录组序列中的分布类型及特征,为桤木属树种分子标记辅助育种提供有利工具。[方法]利用Micro SAtellite(MISA)软件对所有转录组序列进行SSRs搜索,并对SSR位点的数量、分布特征进行统计分析。设计100对SSR引物,采用琼脂糖凝胶电泳和毛细管电泳分离检测方法对3种不同倍性桤木属植物(12份材料)进行遗传多样性检测,确定引物多态性及通用性。[结果]85 769条Unigenes序列中发现8 678个SSR位点,分布在8 298条Unigenes中发生频率为9.67%,转录组序列中平均每14.04 kb长度就有一个SSR位点分布。其中,二核苷酸重复类型数量最多,占65.87%。根据转录组Unigenes序列,利用Primer 3软件共设计出4 531对符合要求的引物,挑选出的100对SSR引物中,获得18对多态性高、稳定性好的SSR引物。[结论]本研究可扩增出多态性位点的引物重复单元以二、三核苷酸重复为主。基于桤木属转录组序列的SSR标记开发是可行的,开发的引物为桤木属遗传多样性分析、分子育种、遗传图谱构建和功能基因的挖掘提供了丰富的候选分子标记。