平欧杂交榛转录组中SSR信息分析和引物筛选

编号 zgly0001571903

文献类型 期刊论文

文献题名 平欧杂交榛转录组中SSR信息分析和引物筛选

作者 程云清  张丽娜  赵永斌  刘剑锋 

作者单位 吉林师范大学植物资源科学与绿色生产重点实验室 

母体文献 园艺学报 

年卷期 2018年01期

年份 2018 

分类号 S664.4 

关键词 榛子  转录组  简单序列重复  种质鉴定  引物 

文摘内容 对平欧杂交榛的转录组数据进行了深入挖掘,以期开发其SSRs标记。在25 649条含SSR序列的Unigene中,共找到35 604条SSR序列;其中,单、二、三核苷酸重复为高频类型,其数量及所占百分比分别为:10 102(28.37%)、16 543(46.46%)、7 035(19.76%);在单核苷酸重复中,A/T重复最多(28.13%);二核苷酸重复中,AG/CT(35.79%)、AT/AT(7.47%)、AC/GT(3.17%)最为丰富;三、四、五、六核苷酸重复中,比例最高的重复序列分别为:AAG/CTT(7.24%)、AAAG/CTTT(0.33%)、AAAAG/CTTTT(0.38%)、AAAAAG/CTTTTT(0.15%)。依据转录组中的SSRs序列信息,随机合成了60对引物,并对含平榛(Corylus heterophylla Fisch)、平欧杂交榛(C.heterophylla×C.avellana)、欧洲榛(C.avellana)及毛榛(C.mandshurica Maxim.)的25份材料进行了PCR扩增和毛细管电泳,找到7对多态性良好的引物,其PIC(Polymorphism Information Content)值为0.35~0.70,获得多态性条带52条;UPGMA(Unweighted Pair Group Method Analysis)聚类结果显示,上述引物可将这些种质进行准确区分。以上研究初步明确了平欧杂交榛转录组中SSR的分布特征,为其遗传连锁图谱构建等研究提供了科学依据。