基于沙棘转录组序列开发EST-SSR分子标记

编号 zgly0001535238

文献类型 期刊论文

文献题名 基于沙棘转录组序列开发EST-SSR分子标记

作者 李珊珊  曾艳飞  何彩云  张建国 

作者单位 国家林业局林木培育重点实验室中国林业科学研究院林业研究所  南京林业大学南方现代林业协调创新中心 

母体文献 林业科学研究 

年卷期 2017年01期

年份 2017 

分类号 S793.6 

关键词 沙棘  转录组  EST-SSR  引物 

文摘内容 [目的]本研究通过对蒙古沙棘向阳品种的转录组序列进行SSR引物开发,为沙棘亲本分析、遗传多样性和遗传育种等研究提供支持。[方法]利用已测得的转录组序列进行分析和筛选,整理具有SSR位点的序列,进行引物设计,随机挑选179条引物进行验证。[结果]得到具有SSR位点的EST序列17 383条,其中,单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸重复基元分别占62.77%、21.82%和13.77%;二核苷酸重复基元类型以AT和AG为主,三核苷酸重复基元类型以AAG、ATC和ATA为主。9 291条序列设计出扩增EST-SSR位点的引物,随机合成的179对引物中,142对扩增成功,选取其中92个位点的扩增产物上机检测,40个SSR位点(43.48%)呈现多态。对扩增稳定且峰图清晰的17个多态位点的进一步分析,得到蒙古沙棘天然群体在各位点的观测杂合度(HO)为0.083 0.875,期望杂合度(HE)为0.180 0.750。[结论]本研究开发出的EST-SSR标记,为后期进行沙棘属植物遗传多样性分析、遗传图谱构建及分子育种等研究提供了重要支持。