基于苦楝转录组测序的SSR分子标记开发

编号 zgly0001735883

文献类型 期刊论文

文献题名 基于苦楝转录组测序的SSR分子标记开发

作者 蔡金峰  杨晓明  郁万文  汪贵斌  曹福亮 

作者单位 南京林业大学南方现代林业协同创新中心 

母体文献 林业科学 

年卷期 2021,57(6)

页码 85-92

年份 2021 

分类号 S718.46 

关键词 苦楝  转录组  EST-SSR  引物 

文摘内容 【目的】基于转录组测序数据开发苦楝SSR标记,为苦楝种质资源的选育、评价和遗传改良提供理论基础和科学依据。【方法】利用Illumina HiSeqTM 2500平台对苦楝叶片进行高通量测序,分别利用Trinity、MISA软件对转录组数据进行拼接组装、序列检索及SSR分布类型和特征分析。采用Primer 3软件设计合成100对SSR引物,分别用2%琼脂糖凝胶电泳和PAGE凝胶电泳进行初步筛选和多态性筛选。【结果】共获得Unigenes 20077条,平均长度为1431.82 bp,N50为1955 bp;对Unigenes进行SSR位点的发掘和分析,发现4116条Unigenes序列中含有5469个SSR位点,SSR的发生频率为20.50%,平均分布距离为8.74 kb;单、二、三核苷酸重复单元分别占总SSR的50.23%、24.43%和22.11%;SSR重复单元以6~10次重复的最多,占总数的51.27%。筛选出16对多态性引物并进行PCR扩增,共检测到56个等位基因片段,平均每个位点含3.5个,平均有效等位基因数为2.31个,平均Shannon多样性指数I为0.861,平均多态性信息含量PIC为0.507。【结论】苦楝转录组SSR位点具有较高的出现频率和分布密度,基元类型和重复次数相对较高,具有高多态性的潜能,可以进行有目的的引物设计和开发。开发的16对SSR引物在苦楝上可检测到较高的多态信息含量,进一步丰富了楝科现有SSR标记数据库资源,可为楝科植物在基因组水平上的遗传多样性分析和分子辅助育种等提供参考。