胡桃EST-SSR标记的筛选及引物设计

编号 zgly0000730255

文献类型 期刊论文

文献题名 胡桃EST-SSR标记的筛选及引物设计

学科分类 220.45;经济林学

作者 冯怡  张智俊  张舍龙  罗淑萍 

作者单位 浙江农林大学亚热带森林培育国家重点实验室培育基地  新疆农业大学农学院 

母体文献 安徽农业科学 

年卷期 2011,39(36)

页码 22217-22219,22276

年份 2011 

分类号 S132 

关键词 胡桃  EST-SSR  微卫星  引物 

文摘内容 [目的]筛选胡桃的EST—SSR分子标记并对其进行引物设计。[方法]利用生物信息学方法对NCBI网上公开的5213条胡桃(Jug—lans regia Linn.)ESTs序列进行EST—SSR特征分析, 利用Primer3.0软件对筛选出的EST序列设计引物。[结果]在ESTs序列中共检索出207个SSR, 其中无冗余序列188, 检出率为3.97%, 平均分布距离为21.12kb, 包括92种重复基元, 其中以二核苷酸和三核苷酸重复类型为主, 分别占总数目的31.40%和35.27%; 对随机筛选出的50条SSR引物进行PCR扩增验证, 初步筛选出30对引物。[结论]通过对胡桃EST序列中SSR位点的发掘分析, 有针对性地设计EST.SSR引物, 将为胡桃科EST—SSR分子标记的开发奠定基础。