基于转录组数据的意大利蝗微卫星位点分析与分子标记开发

编号 zgly0001710225

文献类型 期刊论文

文献题名 基于转录组数据的意大利蝗微卫星位点分析与分子标记开发

作者 桑迪  徐叶  王伟亮  向敏  季荣  王晗 

作者单位 中亚区域跨境有害生物联合控制国际研究中心新疆师范大学生命科学学院  新疆玛纳斯县蝗虫鼠害预测预报防治站 

母体文献 应用昆虫学报 

年卷期 2020年03期

年份 2020 

分类号 S812.6 

关键词 意大利蝗  微卫星  转录组  分子标记 

文摘内容 【目的】意大利蝗Calliptamus italicus (L.)是新疆荒漠半荒漠草原重要害虫。本研究利用已获得的意大利蝗转录组数据,鉴定其微卫星位点。【方法】使用MISA筛选SSR位点,利用Primer Premier 5设计引物,通过PCR扩增对引物进行验证。【结果】在意大利蝗转录组数据库中,共检测出156500个SSR位点,分布在126369条unigene中。其中,单核苷酸重复为60.88%,二核苷酸重复为23.58%,三核苷酸重复和四核苷酸重复分别为12.99%和2.04%。单核苷酸重复主要为A/T(44.38%),二核苷酸重复主要为AC/GT(12.99%)和AG/CT(8.05%)。基于筛选的SSR位点设计引物,随机挑选24对引物,对10个不同地理种群意大利蝗成虫DNA样品进行PCR扩增,共有6对引物扩增成功。【结论】本研究利用转录组数据发掘意大利蝗SSR位点,为意大利蝗分子标记、种群遗传及功能基因等研究奠定基础。