基于转录组数据高通量发掘沙葱萤叶甲微卫星引物

编号 zgly0001515806

文献类型 期刊论文

文献题名 基于转录组数据高通量发掘沙葱萤叶甲微卫星引物

作者 张鹏飞  周晓榕  庞保平  谭瑶  常静  高利军 

作者单位 内蒙古农业大学草原昆虫研究中心  锡林浩特市草原工作站 

母体文献 应用昆虫学报 

年卷期 2016年05期

年份 2016 

分类号 S812.6 

关键词 沙葱萤叶甲  微卫星  高通量测序  转录组 

文摘内容 【目的】沙葱萤叶甲Galeruca daurica(Joannis)是近年来在内蒙古草原上猖獗发生为害的一种新害虫。本研究从其高通量转录组数据中查找微卫星序列,并进行微卫星位点的信息分析和微卫星引物的发掘,将为进一步研究沙葱萤叶甲遗传多样性及遗传分化奠定必要的基础。【方法】应用软件MISA对沙葱萤叶甲转录组中72 352条unigenes的数据进行搜索。【结果】共找到3 880个微卫星位点,分布于3 277条unigenes中,其主要重复类型为单核苷酸重复(80.85%),其次为三核苷酸重复(11.08%),再次为二核苷酸重复(7.37%)。单核苷酸重复中主要是A/T基序,占总量的77.76%。从1 814条unigenes中成功设计出2 160对引物,从中随机选取10对引物对沙葱萤叶甲DNA进行扩增,结果全部扩增出目的 DNA片段。【结论】利用沙葱萤叶甲转录组数据开发微卫星引物是可行的,本研究开发的微卫星引物为研究沙葱萤叶甲种群遗传学和功能基因组学奠定了必要的基础。