基于转录组数据的黑腹胃蝇微卫星位点信息分析

编号 zgly0001655056

文献类型 期刊论文

文献题名 基于转录组数据的黑腹胃蝇微卫星位点信息分析

作者 陈亘浓  黄河清  张博茹  张科  马新平  李凯 

作者单位 北京林业大学自然保护区学院  秦皇岛林业局  新疆野马繁殖研究中心 

母体文献 环境昆虫学报 

年卷期 2018年06期

年份 2018 

分类号 Q963 

关键词 黑腹胃蝇  转录组  高通量测序  微卫星 

文摘内容 黑腹胃蝇是中国新疆荒漠地区马科动物马胃蝇蛆病最主要的病原体。本研究基于已获得的黑腹胃蝇的转录组数据,利用MISA软件(1. 0版)对黑腹胃蝇转录组中1 kb以上的Unigene进行SSR位点分析。在黑腹胃蝇转录组25 847条Unigenes中筛选得到SSR总数为12 187个,存在于8 037条Unigenes当中,出现频率为31. 09%。微卫星的序列中单碱基(38. 39%)和三碱基(33. 45%)为优势重复类型。研究共发现103种重复基元,出现最多的为A/T (37. 52%),其次是AC/GT (13. 10%)。由三碱基构成的SSR基元占比较多,分别为15 bp (20. 94%),12 bp (14. 48%)和18 bp (14. 01%)。本研究是黑腹胃蝇开发EST-SSR的基础研究,为黑腹胃蝇的遗传多样性分析、变异水平分析和功能基因发掘奠定基础。