基于高通量测序的怒江红山茶微卫星位点特征分析

编号 zgly0001660497

文献类型 期刊论文

文献题名 基于高通量测序的怒江红山茶微卫星位点特征分析

作者 王大玮  周凡  沈兵琪  王连春 

作者单位 西南林业大学云南省高校林木遗传改良与繁育重点实验室  西南山地森林保育与利用省部共建教育部重点实验室 

母体文献 植物研究 

年卷期 2019年01期

年份 2019 

分类号 S685.14 

关键词 怒江红山茶  转录组  微卫星  高通量测序 

文摘内容 以怒江红山茶叶片为材料,采用Illumina Hiseq 2000平台测序,共获得140 996条无冗余的序列,进行SSR位点搜索后,得到32 696个SSR位点,出现频率为23.2%。所搜索的SSR以二核苷酸重复类型最多,三核苷酸和单核苷酸次之,四、五、六核苷酸重复类型较少(<1%)。单核苷酸重复类型中以A/T基元较丰富(10.92%);二核苷酸中AG/CT基元出现频率最大,达到49.72%,AT/AT基元和AC/GT基元所占比例相差不多,而CG/CG基元所占比例最少,为0.07%;三核苷酸重复类型中AAG/CTT最多,ACC/GGT、ATC/ATG和AGG/CCT基元次之,CCG/GGC、ACT/AGT和ACG/CGT基元较低,都小于1%;四、五、六核苷酸类型中各重复基元均较少。在怒江红山茶转录组中,微卫星的数量随着对应的重复类型、重复次数的增加而降低,也随重复区段碱基长度的增加而降低。