基于转录组数据的杜仲红叶性状SSR分子标记分析

编号 zgly0001567988

文献类型 期刊论文

文献题名 基于转录组数据的杜仲红叶性状SSR分子标记分析

作者 苗作云  杨赟  刘攀峰  郑新芳  杜红岩  朱景乐 

作者单位 中国林业科学研究院经济林研究开发中心  黄河科技学院  河南农业大学  华南农业大学 

母体文献 植物研究 

年卷期 2017年06期

年份 2017 

分类号 S792.99 

关键词 杜仲  红叶  微卫星  转录组  高通量测序 

文摘内容 对‘华仲12号’杜仲的幼嫩叶片(绿色)和成熟叶片(红色)及‘华仲11号’杜仲成熟叶片(绿色)进行转录组测序,进行测序数据的拼接和组装,且对转录组获得的基因(Unigenes)进行SSR分析。研究得到54 517条平均长度为806.90 bp的Unigenes,其中25 993条Unigenes在Nr、Swiss-Prot、KEGG和COG蛋白数据库获得功能注释,占所有Unigenes的47.68%。参照KEGG数据库,可将注释到的6 910条Unigenes划分到122个代谢途径分支,其中花色苷代谢途径相关酶基因39个,类黄酮代谢途径38个,类胡萝卜素合成途径34个。54 517条Unigenes中共包含17 010个完整型SSR位点,占总SSR位点的96.28%。完整型SSR位点共包含67种重复基元,其中出现频率最高的重复基元类型为单核苷酸重复中的A/T(7 747个),其次是AG/CT(5 039个)和AT/AT(850个)从花色苷代谢途径、类黄酮代谢途径及类胡萝卜素代谢途径中共找到13个SSR位点。为今后杜仲遗传多样性分析、遗传图谱构建及杜仲红叶性状分子标记开发等方面奠定了分子基础。