基于转录组数据的桔小实蝇微卫星位点信息分析

编号 zgly0000898677

文献类型 期刊论文

文献题名 基于转录组数据的桔小实蝇微卫星位点信息分析

作者 魏丹丹  石俊霞  张夏瑄  陈世春  魏冬  王进军 

作者单位 西南大学植物保护学院昆虫学及害虫控制工程重庆市重点实验室 

母体文献 应用生态学报 

年卷期 2014(6)

页码 1799-1805

年份 2014 

关键词 微卫星  转录组  高通量测序  分子标记  实蝇 

文摘内容 以桔小实蝇为材料,从其转录组数据库中筛选功能微卫星(EST-SSR)序列,并进行SSR位点的信息分析.共获得1890个EST-SSR位点,可用于引物设计的SSR数为1296个.EST-SSR平均分布频率为1/10.21 kb,但这种分布频率在不同重复类型SSR之间相差很大.其中,三碱基重复SSR在该种昆虫的EST-SSR中出现的频率最高,结合其他文献推断三碱基重复可能是所有昆虫EST-SSR的优势类型.本文共设计了42对桔小实蝇EST-SSR引物,其中有18对引物可以扩增得到预期大小的条带.最后,探讨了基于转录组数据发掘昆虫SSR的前景和挑战,以及进行转录组EST-SSR筛选时应注意的问题。