瓜类褪绿黄化病毒山东分离物全基因组序列扩增及分析

编号 zgly0001690165

文献类型 期刊论文

文献题名 瓜类褪绿黄化病毒山东分离物全基因组序列扩增及分析

作者 臧连毅  孙晓辉  苏文敏  张先平  刘晓莹  竺晓平 

作者单位 山东农业大学植物保护学院山东省蔬菜病虫生物学重点实验室  上海市浦东新区高东镇城镇建设管理中心 

母体文献 植物保护学报 

年卷期 2019年06期

年份 2019 

分类号 S432.41 

关键词 瓜类褪绿黄化病毒  全基因组  系统进化树 

文摘内容 为明确分离自山东省寿光市甜瓜上的瓜类褪绿黄化病毒(cucurbit chlorotic yellows virus,CCYV)分离物的全基因组序列信息和遗传变异情况,利用毛形病毒属Crinivirus简并引物进行RTPCR检测,利用RACE技术结合RT-PCR方法克隆CCYV山东分离物2条RNA链的全基因组序列,通过与GenBank中其它地区CCYV分离物的全长序列进行比对分析其同源性,并基于CP基因序列构建系统进化树分析其遗传变异情况。结果表明,山东分离物经RT-PCR检测和测序后确定为CCYV。CCYV山东分离物与其它CCYV分离物的RNA1链和RNA2链的全基因组序列一致性的平均值分别为99.82%和99.88%,且2条链的5′末端均比较保守,没有碱基突变的情况发生;RNA1链3′末端存在2个碱基变异,RNA2链3′末端存在1个碱基变异。CCYV不同地区分离物主要分为3个簇群,其中山东分离物和中国其它地区分离物、日本分离物、苏丹分离物、黎巴嫩分离物和塞浦路斯分离物聚类在一起。研究表明CCYV基因组序列比较保守,该病毒的分化可能与地理来源存在一定的相关性。