香菇三个功能基因部分序列的单核苷酸多态性分析

编号 zgly0001461507

文献类型 期刊论文

文献题名 香菇三个功能基因部分序列的单核苷酸多态性分析

作者 王大莉  张金霞  边银丙  陈强  黄晨阳 

作者单位 华中农业大学应用真菌研究所  中国农业科学院农业资源与农业区划研究所农业部农业微生物资源收集与保藏重点实验室 

母体文献 菌物学报 

年卷期 2013年01期

年份 2013 

分类号 S646.12 

关键词 单核苷酸多态性  外显子  错义突变  品种鉴别 

文摘内容 以15个香菇栽培品种为材料,对尿嘧啶核苷酸-胞嘧啶核苷酸激酶基因(UMP-CMP kinase gene,uck1)、分裂原活化蛋白激酶基因(mitogen-activated protein kinase gene,mapk)和外切β-1,3葡聚糖酶基因(exo-β-1,3-glucanase-encoding gene,exg1)进行了部分序列的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)分析。结果表明,测序中出现的双峰,是菌丝双核体细胞中两细胞核之间的差异造成的。在采用uck1、mapk和exg1的3,126bp中,共发现48处多态性位点,发生频率为1/65bp,其中36个属于转换、12个为颠换。从群体发生频率上,38个属于超过10%的常见SNP,10个属于罕见SNP。不同基因的SNP发生频率不同,uck1、mapk和exg1的SNP发生频率分别为1.40%、0.82%和2.41%。外显子区SNP数量高于内含子,3个基因在外显子区域分布28个,内含子分布20个。外显子的28个SNP位点中,11个为错义突变,17个为同义突变。错义突变引起了编码氨基酸的改变。对SNP位点的聚类分析表明,15个栽培品种间存在的多态性位点在1–36之间,15个品种的SNP类型不同。uck1,mapk,exg1的SNP可用于香菇栽培品种的鉴别。