基于牡丹EST信息的滇牡丹SSR标记开发

编号 zgly0000729231

文献类型 期刊论文

文献题名 基于牡丹EST信息的滇牡丹SSR标记开发

学科分类 220.1520;林木遗传学

作者 张艳丽  王雁  李正红  马宏 

作者单位 中国林业科学研究院资源昆虫培育与利用重点实验室  中国林业科学研究院林业研究所 

母体文献 林业科学研究 

年卷期 2011,24(2)

页码 171-175

年份 2011 

分类号 S685.11 

关键词 牡丹  滇牡丹  EST  SSR  标记 

文摘内容 对NCBI(美国国立生物技术信息中心)中牡丹的ESTs(expressed sequence tags)的序列进行分析,结果表明: 在所分析的2 204条序列中,仅324条分布有SSRs(simple sequence repeats),占全部ESTs序列的14.70%;SSR的出现频率为15.20%,共计335个,其中,二核苷酸重复比例84.18%,三核苷酸重复比例为15.22%,四和六核苷酸重复比例为0.30%。在此基础上,利用软件(serafer 1.3)设计了51对备选SSR引物,以6个滇牡丹不同花色类群DNA为模板对引物进行筛选,其中,10对引物有扩增产物;用这些引物进一步在10个类群50个DNA模板进行多态性测试,结果显示: 上述10对SSR引物均有多态性,且同一类群内不同模板DNA间也存在多态性。本研究结果证明: 基于牡丹EST信息建立SSR标记是一种有效而可行的方法,有助于滇牡丹遗传多样性分析及基因组学方面的研究。