柑橘EST-SSR分子标记分析

编号 zgly0000460853

文献类型 期刊论文

文献题名 柑橘EST-SSR分子标记分析

作者 江东  钟广炎  洪棋斌 

作者单位 中国农业科学院柑橘研究所品种资源及育种研究室 

母体文献 遗传学报 

年卷期 2006,33(4)

页码 345-353

年份 2006 

分类号 S666  S511.03 

关键词 柑橘  EST  微卫星  SSR 

文摘内容 对来源于甜橙(Citrus sinensis Osbeck)、枳壳(Poncirus trifoliata Raf.)和其他柑橘非冗余EST数据库的38124条单-基因(Unigene)序列进行了简单重复序列SSRs(Simple Sequence Repeat)搜索, 所分析的柑橘非冗余核酸序列总长23.29Mb, 从中获得了8218条SSR, 其中包括单碱基重复4913条(59.8%), 2碱基重复1419条(17.3%), 3碱基重复1709条(20.8%), 4碱基重复114条(1.39%), 5碱基重复23条(0.28%), 6碱基重复40条(0.49%)。大约每2.8kb长度的单-基因序列中即存在1个SSR, 即平均4.6个单-基因中存在1个SSR。随碱基重复单元(motif)的不同, SSR的最大长度在40-105之间, 全部重复序列的平均长度为20.9bp。各种SSR(1-, 2-, 3-, 4-, 5-, 6-核苷酸重复)的发生频率在甜橙和枳壳间非常接近。其中单碱基重复序列是最丰富的重复单元, 其次为3碱基重复。在所得的SSR的重复单元中, 富含A碱基的重复单元的分布占据优势地位, 出现的频率与密度均较高, 而富含CG碱基的重复单元出现频率和密度较低。用25对EST-SSR引物对6个柑橘品种的多样性进行了PCR检测, 结果表明, 所有25对引物在6个柑橘品种间均扩增到多样性条带, 证实通过柑橘EST数据库的发掘能够高效地筛选到基因水平的SSR标记。