毛百合LiGPAT基因3’端与5’端克隆及其序列分析

编号 zgly0001460040

文献类型 期刊论文

文献题名 毛百合LiGPAT基因3’端与5’端克隆及其序列分析

作者 相恒佐  苗琰  陈丽静  王利  张丽  林景卫  赵兴华  李天来 

作者单位 沈阳农业大学辽宁省生物技术重点实验室设施园艺省部共建教育部重点实验室  辽宁省农业科学院 

母体文献 分子植物育种 

年卷期 2013年06期

年份 2013 

分类号 S682.29 

关键词 毛百合(Lilium pensylvanicum)  GPAT  RACE  克隆  生物信息学 

文摘内容 全长cDNA克隆不仅包含完整的阅读框,还拥有5’和3’端的非编码区,全长cDNA序列的获取是正确地注释基因组序列、进行基因的功能及产物分析的必要基础和前提。本研究以叶片为材料,利用3’和5’末端快速扩增(3’RACE和5’RACE)技术成功克隆了毛百合甘油-3-磷酸酰基转移酶(glycerol-3-phosphate acyltransferase,GPAT)基因3’和5’末端序列,分别得到了长度为777 bp和496 bp的片段。通过与已发表的LiGPAT保守区基因序列(Genbank登录号为HQ654523)拼接,得到全长1544bp的cDNA,其中5’-UTR10bp,ORF区1 233 bp,3’-UTR 311 bp并含有19 bp的poly(A)尾巴,编码410个氨基酸,预测分子量大小为45.9 kD,此序列Genbank登录号为JX524741。氨基酸同源性分析表明克隆得到的序列和其他物种的GPAT基因同源性较高,进一步进化分析表明其与水稻、油棕等单子叶植物的亲缘关系较近,对其进行生物信息学分析结果表明所得基因序列具有典型的GPAT基因的结构特点,包含磷酸酰基转移酶功能域PIsC结构域,由此说明成功克隆了毛百合GPAT基因全长,这将为后续的下游分析及进一步研究GPAT基因的功能奠定基础。