杧果叶绿体基因组密码子使用偏好性分析

编号 zgly0001732495

文献类型 期刊论文

文献题名 杧果叶绿体基因组密码子使用偏好性分析

作者 辛雅萱  黎若竹  李鑫  陈丽琼  唐军荣  屈亚亚  杨琳懿  辛培尧  李云芳 

作者单位 西南林业大学国家林业和草原局西南风景园林工程技术研究中心  西南林业大学西南地区生物多样性保育国家林业和草原局重点实验室  中国科学院西双版纳热带植物园综合保护中心  中国科学院大学  云龙县诺邓镇果郎办公区天池保护区管护局 

母体文献 中南林业科技大学学报 

年卷期 2021,(09)

页码 148-156+165

年份 2021 

分类号 S667.7 

关键词 杧果  叶绿体基因组  密码子偏性  突变  选择 

文摘内容 【目的】为了明确杧果叶绿体基因组密码子的使用模式，以筛选到的51条CDS蛋白质编码序列为研究对象，进行密码子偏好性分析和对应性分析。同时揭示密码子偏性的影响因素，找出最优密码子，为杧果基因组研究及其遗传改良提供理论基础。【方法】使用CodonW 1.4.2和EMBOSS软件对杧果密码子进行组成分析，获得GC、ENC、RSCU等参数，再进行中性绘图分析、ENC-plot分析以及PR2-plot分析，探究影响密码子使用偏性形成的主要因素，最终获得最优密码子。【结果】1）杧果叶绿体基因组密码子不同碱基位置的GC含量排序分别为GC_1(47.25%)> GC_2(39.74%)> GC_3(29.31%)，表明杧果密码子偏好使用以A或T结尾的碱基；2）中性绘图分析中，GC12和GC_3的相关系数为0.137，可见这两者的相关性并不显著，说明密码子第3个位置上的碱基可能与前两个位置上的碱基构成不同；3)ENC-plot绘图分析中，大部分基因都离标准曲线有一定距离，表示ENC实际值与ENC预期值之间有一定的差异，说明这些密码子偏好性更多受到选择的影响；4)PR2-plot绘图分析显示，平面图内杧果密码子基因大部分分布在右下方，说明密码子第3位碱基的使用具有偏好性，且各碱基使用频率表现为T高于A、G高于C;5）最终筛选出AGU、UUG、CUU、CAA等17个密码子为最优密码子，其中多数以A或U结尾。【结论】杧果密码子同时受到突变和选择的影响，但更多的是受到选择的作用。通过研究杧果叶绿体基因组密码子使用偏好性特征，探究其密码子偏性的影响因素，找出最优密码子，为杧果基因组水平上的应用和研究提供数据支撑。