噬菌体vB-EcoP-Bp4尾部蛋白基因的密码子使用偏性分析

编号 zgly0001516893

文献类型 期刊论文

文献题名 噬菌体vB-EcoP-Bp4尾部蛋白基因的密码子使用偏性分析

作者 孙蓉蓉  孙虎芝  张灿  任慧英 

作者单位 青岛农业大学动物科技学院 

母体文献 动物医学进展 

年卷期 2016年07期

年份 2016 

分类号 Q78 

关键词 噬菌体  尾部蛋白  密码子偏性 

文摘内容 为了解噬菌体vB-EcoP-Bp4(简称Bp4)尾部蛋白基因的密码子使用特性,利用生物信息学方法对N4类噬菌体Bp4的3个尾部蛋白基因gp10、gp11、gp13与其他5株同源性较高的噬菌体进行密码子偏性分析。结果表明,噬菌体Bp4尾部蛋白基因与其他5株噬菌体尾部蛋白基因密码子使用模式基本一致,偏爱以A或U的密码子结尾;除了AUG(M)和UGG(W)外,针对Bp4的3个尾部蛋白基因gp10、gp11、gp13分别确定了14种、17种及16种高频密码子。通过6株噬菌体尾部蛋白基因密码子偏性比较和聚类分析发现,Bp4可预测蛋白gp10与ECBP1最相近,尾丝蛋白gp11与EC1-UPM、PhAPEC5较相近,而尾刺蛋白gp13与ECBP1、EC1-UPM最相近。本研究发现噬菌体Bp4尾部蛋白基因密码子使用的偏性结果与同源性高低相一致,将为进一步研究噬菌体Bp4提供依据。