苦荞叶绿体基因组密码子偏爱性分析

编号 zgly0001528813

文献类型 期刊论文

文献题名 苦荞叶绿体基因组密码子偏爱性分析

作者 胡莎莎  罗洪  吴琦  姚慧鹏 

作者单位 四川农业大学生命科学学院 

母体文献 分子植物育种 

年卷期 2016年02期

年份 2016 

分类号 Q943.2 

关键词 苦荞叶绿体  密码子偏爱性  GC  ENC  RSCU  最优密码子 

文摘内容 本研究应用Codonw、CHIP、CUSP和SPSS软件对苦荞叶绿体基因组中38条蛋白质编码基因序列进行了偏爱性分析以及多元统计分析,获得了每个基因密码子3个位置的GC含量和ENC值以及所有基因序列的RSCU值,并与大肠杆菌、酵母、拟南芥以及水稻进行了对比分析。结果显示,苦荞叶绿体基因组基因密码子GC3含量明显低于GC2、GC1含量,表现出密码子对AT碱基结尾的偏爱性。中性绘图分析和ENC绘图分析表明苦荞叶绿体基因组的密码子偏爱性主要受选择的影响;通过和4种生物的密码子使用频率比较,发现其与大肠杆菌、水稻的密码子使用模式偏差较大,但与拟南芥、酵母的密码子使用模式相差较小,在此基础上确定了17种最优密码子。本研究分析结果对指导苦荞叶绿体基因进行分子改造,遗传转化,提高外源基因在苦荞的表达效率、新基因预测的准确性等基因工程问题具有一定的意义。