红藻rbcL基因密码子偏爱性分析

编号 zgly0001693831

文献类型 期刊论文

文献题名 红藻rbcL基因密码子偏爱性分析

作者 李国灵  陶文  高诗晨  靳燕  姚慧鹏 

作者单位 四川农业大学生命科学学院 

母体文献 分子植物育种 

年卷期 2020年01期

年份 2020 

分类号 Q943 

关键词 红藻(Rhodophyta)  rbcL基因  GC  密码子偏爱性 

文摘内容 红藻是我们日常生活中一类非常重要的海洋生物资源。为探究红藻rbcL基因密码子的偏爱性,确定该类基因的最优密码子,本研究通过使用CodonW 1.4.4、CUSP和SPSS 20.0软件对20条红藻rbcL基因进行了多元统计和密码子偏爱性分析,最终获得了红藻rbcL基因三个位置的GC碱基含量、ENC值和RSCU值。结果显示,红藻rbcL基因AT碱基含量高于GC碱基,ENC值为41.89,说明红藻rbcL基因密码子偏爱于A/T碱基结尾。ENC绘图分析,PR2-plot分析和中性绘图分析表明自然选择是影响rbcL基因密码子偏爱性的主要因素。通过与拟南芥等五个物种的密码子使用频率比较,发现红藻rbcL基因和它们均有较大的差异性。最后筛选得到了UUU、UUA、AUU等18个最优密码子,均偏向于以A/U碱基结尾。研究结果对红藻资源的开发利用和rbcL基因的表达研究具有重要意义。