普通羊肚菌密码子偏好性分析

编号 zgly0001513924

文献类型 期刊论文

文献题名 普通羊肚菌密码子偏好性分析

作者 吕贝贝  吴潇  蒋玮  于海龙  金剑锋  陈雷  谭琦  唐雪明 

作者单位 上海市农业科学院生物技术研究所  上海市农业遗传育种重点实验室  上海市农业科学院食用菌研究所农业部南方食用菌资源利用重点实验室国家食用菌工程技术研究中心国家食用菌加工技术研发分中心上海市农业遗传育种重点开放实验室  上海市农业科学院农业科技信息技术研究所  南京野生植物综合利用研究院 

母体文献 食用菌学报 

年卷期 2016年01期

年份 2016 

分类号 S646.7 

关键词 普通羊肚菌  编码序列  密码子偏好性  优越密码子 

文摘内容 采用CodonW1.4.2软件和CUSP程序,以普通羊肚菌(Morchella conica)全基因组蛋白质编码序列(coding sequence,CDS)为对象,解析了该菌的有效密码子数(effective number of codon,ENC)、密码子3个位点的GC含量、相对同义密码子使用度(relative synonymous codon usage,RSCU)和高表达优越密码子。结果表明:普通羊肚菌全基因组密码子第2位密码子的GC含量明显低于第1位和第3位,第3位密码子与第1位含量差异不大,分别为57.8%和56.8%,RSCU值大于等于1的密码子总共35个,其中以G或C结尾的25个,占71.4%,确定了25个高表达优越密码子。