杨树同义密码子用法的初步分析

编号 zgly0000549352

文献类型 期刊论文

文献题名 杨树同义密码子用法的初步分析

作者 周猛  童春发  施季森 

作者单位 南京林业大学国家林业局和江苏省林木遗传和基因工程重点实验室 

母体文献 植物生理与分子生物学学报 

年卷期 2007,33(4)

页码 285-293

年份 2007 

分类号 Q74 

关键词 密码子用法  对应分析  GC35含量  基因长度  基因表达水平  优越密码子  杨树 

文摘内容 摘要：杨树是世界上广泛栽培的重要造林树种之一，已经成为林木基因工程研究的模式植物。用杨树的314个蛋白编码基因，通过对应分析和ENc-plot分析探讨了若干重要因子对杨树密码子用法的效应。从分析结果中可以看出，在影响最大的第一条向量轴上，基因的坐标位置与该基因的表达水平(CAI)极显著负相关(r=-0．94″)，其次是与GC3s和基因长度极显著相关(r=0．86″和仁一0．57″)，说明基因表达水平高低是影响密码子发挥作用的主要因素，基因编码区碱基组成和基因长度次之。ENc-plot分析结果也证明了这一点。相对密码子使用值(RSCU)的计算结果表明，高表达基因强烈偏好以A或T结尾的密码子，并确定了TTA和ATA等10个密码子为杨树的主要偏爱密码子。将杨树的密码子使用频率与拟南芥、水稻、大肠杆菌和人等不同模式生物种比较后发现，杨树密码子的偏爱性与同为双子叶植物的拟南芥最为相似，与人和大肠杆菌之间的差异较大。